Od wtorku do niedzieli zaprasza gości do odwiedzenia stałej wystawy poświęconej ich życiu i działalności. Ponadto w muzeum organizowane są konferencje naukowe i popularnonaukowe oraz warsztaty edukacyjne.

Ekspozycja główna Mt 5,14 | Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego znajduje się w pierścieniu okalającym kopułę Świątyni Opatrzności Bożej na wysokości 26 metrów. Zajmuje około 2000 metrów kwadratowych powierzchni.

Wystawa opowiada historię dwóch patronów Muzeum – Jana Pawła II i prymasa Stefana Wyszyńskiego – na tle stulecia, w którym żyli. Jej ramy chronologiczne obejmują okres od 1901 roku (rok urodzin Stefana Wyszyńskiego) do 2005 roku (śmierć Jana Pawła II).

Ekspozycja ukazuje wpływ obu bohaterów Muzeum na losy Kościoła i Polski, ich wkład w zachowanie wiary i tożsamości narodowej, kulturowej Polaków oraz obalenie komunizmu.