W dawnym Pałacu Dziekana zgromadzone są najstarsze i najcenniejsze zabytki sztuki sakralnej. W Skarbcu zobaczysz złote naczynia liturgiczne i kolorowe, pięknie haftowane ornaty oraz ikony. W saloniku zachwycisz się urokiem mebli, zegarów i bibelotów z minionych epok oraz malarstwem europejskim.

Dwa ganki widoczne nad ulicą Kanonia i Dziekania wybudowano w XVII wieku, aby król mógł z Zamku Królewskiego bezpośrednio udać się na modlitwę do świątyni Jana Chrzciciela. W Muzeum możesz wejść do „korytarzyków królewskich” jak w dawnych czasach dwór władcy. Znajdziesz tam replikę czekana – narzędzia, którym szlachcic Michał Piekarski chciał zabić króla Zygmunta III Wazę w 1620 roku.

Na miłośników sztuki współczesnej czekają prace m.in. Malczewskiego, Czapskiego, Lebensteina i Beksińskiego oraz Kuny i Karnego. Muzeum gromadzi pamiątki i dzieła związane z wybitnymi Polakami (Jan Paweł II, bł. ks. Jerzy Popiełuszko i ks. Stefan Kard. Wyszyński).