Muzeum będzie usytuowane w budynku dawnego Aresztu Śledczego przy ulicy Rakowieckiej 37.

Ta niecodzienna lokalizacja jest celowa – tutaj właśnie od 1945 roku funkcjonowało główne więzienie polityczne. Przetrzymywani tutaj byli najważniejsi działacze niepodległościowego podziemia. Więziono tu m.in. generała Augusta Fieldorfa, pseudonim Nil, oraz rotmistrza Witolda Pileckiego. Swoją złą sławę więzienie zyskało głównie w okresie stalinowskim, kiedy wykonano tu kilkaset wyroków śmierci, a los wielu więźniów do dziś pozostaje nieznany. Również w późniejszym okresie areszt przy ulicy Rakowieckiej był głównym miejscem odosobnienia dla działaczy opozycji antykomunistycznej i „wrogów politycznych”.

Plany otwarcia muzeum zakładają utworzenie nowoczesnej, multimedialnej placówki, z atrakcyjnie zaaranżowaną przestrzenią wystawienniczą. Celem instytucji jest pokazać przed- i powojenne losy Żołnierzy Wyklętych. A także opowiedzieć historię najważniejszych wydarzeń i osób związanych z niepodległościowym i antykomunistycznym podziemiem. Oprócz ekspozycji stałej i wystaw czasowych, muzeum planuje prowadzić szeroką działalność edukacyjną, badawczą i wydawniczą.

Otwarcie instytucji planowane jest w 2019 roku.